本院的宗旨：团结广大中医药和相关的自然科学技术工作者和管理工作者，遵循国家宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚，弘扬优秀民族医药文化，促进中医药科学技术的繁荣和发展，促进中医药科学技术的普及推广，促进中医药科技人才和管理人才的成长和提高，努力为广大中医药工作者服务。坚持邓小平理论和“三个代表”重要思想，贯彻落实科学发展观，为构建和谐社会贡献力量。
本院贯彻“百花齐放、百家争鸣”和《宪法》关于“发展现代医药和我国传统医药”的规定及新时期卫生工作方针，坚持“中西医并重，发展中医药”，坚持依法民主办院，不断深化改革，围绕国家科学技术研究重点和卫生工作任务，开展各项活动。遵循继承与创新相结合的原则，坚持中医中药并重，保持和发扬中医药特色和优势，积极利用现代科学技术，促进中医药理论和实践的发展，促进中医中药的协调发展，推动中医药走向世界。