《指导意见》共六部分20条。其中第二部分“加快建设协同高效的卫生与健康科技创新体系”中，包括了：激发各类创新主体活力、系统布局高水平创新基地平台和重大项目工程、加强临床医学研究体系与能力建设、大力推动中医药科技创新和构建开放协同的科技创新网络等措施。

　　对于如何“大力推动中医药科技创新”，《指导意见》做出具体部署：一是推进中医药传承与创新。进一步丰富和发展中医理论，组织编纂《中华医藏》，系统继承、整理和挖掘中医药古籍；充分发挥中医药在重大疾病防治领域的优势特色，加强对重大疑难疾病、常见病、多发病、慢性病和传染病的中医药防治研究，重点解决中医药临床难题以及制约中医药疗效发挥和提高的瓶颈问题；健全中医治未病技术与服务体系，提升中医康复服务能力和规范化水平，加强具有自主知识产权的中医医疗器械研发；进一步提升民族医药科技创新能力，加速完善中医药科技成果的评价和转化体系。

　　二是推进中药保护和发展。加强中药资源保护和利用，建立中药种质资源保护体系；开展第四次全国中药资源普查，建立覆盖全国中药材主要产区的资源监测网络；促进中药工业转型升级，提高中药资源保障水平和新药研发能力；推动民族医临床医疗规范化与标准化，保障民族药资源与适生生态环境安全、保障临床用药的质量与稳定供给；实施中药标准化行动计划，持续推进中药产业链标准体系建设，加快形成中药标准化支撑服务体系，引领中药产业整体提质增效，切实保障百姓用药安全有效。

　　《指导意见》还提出，要系统布局高水平创新基地平台和重大项目工程，积极推动卫生与健康领域国家实验室建设，继续加强中医药临床研究基地建设；深化国际交流合作，推动中医药走向世界。

　　“中医药科技创新是我国的特色和优势，既要传承发展，也要走向世界。”国家卫生计生委科教司司长秦怀金表示，此次出台的《创新指导意见》特点突出，比如高度重视推动中医药科技创新，注重推进中医药传承创新和中药的保护发展，加快中医药走向世界；突出科技创新在卫生与健康事业改革发展中的优先与核心地位；坚持需求和问题导向，紧密结合科技创新工作和卫生与健康行业的实际，以服务健康中国建设为目的；将人才作为科技创新的第一资源；突出医疗卫生机构在卫生与健康科技创新体系中的主体地位；强调加强临床医学研究；特别指出国家科技创新的各项激励政策适用于医疗卫生机构及其人员；高度重视卫生与健康科技成果的转移转化。